ข้อควรระวังเกี่ยวกับ GMO

เทคโนโลยีทุกอย่างเมื่อมีประโยชน์ก็มักจะมีโทษ พันธุวิศวกรรมที่นำมาใช้ตกแต่งสายพันธุ์ของสิ่งมีชีวิตก็เช่นกัน อาจมีผลทางลบต่างๆด้วย หากกระทำโดยไม่ระมัดระวัง กล่าวคือ GMO ที่ผลิตขึ้น อาจมีปัญหาต่อความปลอดภัยทางชีวภาพ (biosafety) คือ อาจมีปัญหาต่อสุขภาพของมนุษย์ มีผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมโดยเฉพาะอย่างยิ่งความหลากหลายทางชีวภาพ(biodiversity)
ในการตัดต่อยีนส์ ถ้าเป็นยีนส์จากสิ่งมีชีวิตเหมือนกัน เช่น ยีนส์จากพืชถ่ายให้พืชย่อมมีปัญหาน้อย หรือ ยีนส์จากสิ่งมีชีวิตอื่นซึ่งไม่เป็นพิษภัยก็ไม่น่าจะก่อปัญหา โดยปกติยีนส์ที่ควบคุมลักษณะอย่างใดอย่างหนึ่งมักจะมียีนส์ช่วยแสดงหรือที่เรียกว่า promoter และเมื่อจะเลือกยีนส์ก็มักต้องใส่ยีนส์ช่วยการคัดเลือก คือ selection markers เช่น ยีนส์ต้านยาปฎิชีวนะเข้าไปด้วย มีคำถามว่ายีนส์เหล่านี้จะเป็นพิษเป็นภัยหรือไม่

ปัญหาเกี่ยวกับผู้บริโภคอาหารที่ได้มาจากGMO
ผลิตภัณฑ์จาก GMO ก่อให้เกิดอันตรายหรือไม่ เช่น หาก GMO มีสารพันธุกรรมจากไวรัส สารพันธุกรรมที่สร้างสารพิษ อาหารที่มาจาก GMO มีคุณค่าทางโภชนาการเทียบเท่าที่มาจากสายพันธุ์ตามธรรมชาติหรือไม่
อาหาร GMO เช่น อาหารทะเล อาหารจากพืชตระกูลถั่ว ไข่ ซึ่งถูกตกแต่งพันธุ์โดยยีนส์จากสิ่งมีชีวิตหนึ่งไปยังสิ่งมีชีวิตอีกพวกหนึ่ง อาจก่อให้เกิดการแพร่กระจายของอาการภูมิแพ้ เช่น ยีนส์จากถั่ว brazil nut ซึ่งนำไปเพิ่มคุณค่าโปรตีนในถั่วเหลือง พบว่าผู้บริโภคเกิดภูมิแพ้ต่อถั่วเหลืองสายพันธุ์ใหม่นี้มาก
สำหรับการตกแต่งพันธุกรรมในสัตว์จะปลอดภัยต่อผู้บริโภคหรือไม่นั้น ต้องมีการประเมินความปลอดภัยที่ครอบคลุมมากกว่าของจุลินทรีย์และพืช
ผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อม โดยเฉพาะอย่างยิ่งความหลากหลายทางชีวภาพ (Biodiversity)
สารพันธุกรรมที่ใช้ตกแต่งในสิ่งมีชีวิตอาจเกิดการแพร่กระจายและถ่ายทอดไปสู่สิ่งมีชีวิตอื่นๆได้หรือไม่ เช่น สารพันธุกรรมที่ใช้เป็นรหัสเลือก (selection markers) สร้างความต้านทานต่อยาปฎิชีวนะ สารพันธุกรรมที่ต้านยาปราบวัชพืช ซึ่งอาจทำให้เกิดการดื้อยาปราบศัตรูพืชโดยเฉพาะวัชพืช และจุลชีพอื่นๆ ที่ได้รับการถ่ายทอดพันธุกรรมเหล่านี้
การแพร่กระจายความต้านทานต่อยาปฎิชีวนะ ในสิ่งมีชีวิตอื่นๆ โดยเฉพาะ เชื้อโรคนั้นอาจมีผลกระทบโดยตรงต่อการใช้ยาปฎิชีวนะในการฆ่าเชื้อโรคเพื่อการรักษาโรค เพราะฉนั้นการนำและใช้ GMO จึงต้องคำนึงถึงความปลอดภัยในเรื่องนี้ให้มาก ซึ่งอาจมีคำถามในหลายเรื่องเช่น ความปลอดภัยทางชีวภาพ ว่ามีมากน้อยแค่ไหน เรื่องทรัพย์สินทางปัญญา ราคา การค้าระหว่างประเทศข้อมูลความเสี่ยง ข้อมูลข่าวสาร ทำอย่างไรจึงจะสื่อให้คนทั่วไปเข้าใจ จะก่อให้เกิดผลข้างเคียงกับผู้บริโภคหรือไม่ จะมีผลต่อสิ่งแวดล้อมอย่างไร
เมื่อเราตัดต่อยีนส์ให้อยู่ผิดที่ผิดทาง เช่นใส่ยีนส์ของ Bacillus thuringiensis ซึ่งสามารถฆ่าแมลงได้ เช่น ฝ้ายสามารถสร้างสารพิษ ฆ่าแมลงได้เอง ถ้าผีเสื้อและผึ้งมาดอมดมฝ้ายนี้แล้ว ผึ้งจะตายหรือไม่ เป็นปัญหาความหลากหลายทางชีวภาพ